Este error puede ser causado por muchas razones:
Primero revisa si el bind-address es correcto
para ello entra en /etc/my.cnf y revisa su valor
En mi caso aparecia 192.168.1.10 puesto esta era dirección que tenia en un proyecto de pruebas (por eso no me conectaba). Debes cambiarlo a: localhost
Quedaria así:
Otra razón puede ser el puerto: entra aqui para conocer cual es el puerto que usa MySQL
Si aun no te funciona puedes revisar esta entrada de StackOverflow donde explican las posibles soluciones a este error:
http://stackoverflow.com/questions/6865538/solving-a-communications-link-failure-with-jdbc-and-mysql
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